Comentario
El segundo viaje colombino se hizo en prosecución de tres objetivos: socorrer a los españoles del fuerte de la Navidad; continuar los descubrimientos, tratando de alcanzar las tierras del Gran Khan; y colonizar las islas halladas anteriormente. Se reunió una fuerza formidable de casi mil quinientos hombres (800 soldados, religiosos, profesionales, campesinos y hasta soldaderas), que fue preciso embarcar en 17 barcos; 14 carabelas y tres naos. Todo esto se hizo en poco más de cuatro meses gracias al Obispo don Juan Rodríguez de Fonseca, a quien los Reyes encargaron la empresa. No en vano Las Casas dijo de él que fue "muy capaz, para mundanos negocios, señaladamente para congregar gente de guerra para armadas por la mar, que era más oficio de vizcaínos que de obispos". La armada se preparó febrilmente en Cádiz y Sevilla y se hizo a la mar el 25 de septiembre de 1493.
Tras hacer escala en Canarias, Colón ordenó poner rumbo oeste cuarta del suroeste; mucho más al sur que la vez anterior. Esperaba así ir a parar a Cipango, pero lo que de verdad encontró fue la ruta más rápida y segura para llegar a América. El 3 de noviembre, sólo 21 días después de haber salido de Canarias, alcanzó las islas Deseada y Dominica. Posteriormente descubrió Mari Galante (donde volvió a tomar posesión), Guadalupe (donde los españoles encontraron las huellas de los caribes: unas ollas en las que se cocinaba carne humana), Monserrate, Santa María la Antigua, San Martín, Santa Cruz y finalmente las bautizadas como Once Mil Vírgenes, por su número incalculable. El 18 desembarcó en Borinquén o Boriquén, que llamó San Juan, y será luego Puerto Rico. No pudo detenerse en ella pues tenía prisa por llegar al fuerte de la Navidad. El 27 de noviembre de 1493 arribó al lugar donde había naufragado la Santa María (costa norte de Haití).
Colón no encontró rastro alguno de los 39 hombres que había dejado en el fuerte. Los indios le dijeron que habían sido asesinados por un cacique enemigo llamado Caonabó, versión que tuvo que aceptar. El Almirante procedió entonces a fundar una colonia en aquella isla, donde sabía que había oro. La estableció el 6 de enero de 1494 a unas 10 leguas de Monte Christi y fue La Isabela, primera población española en América. El sitio era insalubre, pero tenía condiciones defensivas. Desde allí envió dos expediciones con Ojeda y Corbalán para encontrar el oro de Cibao, que regresaron con algunas muestras del metal, y despachó 12 barcos de regreso a España bajo el mando de Luis de Torres con las muestras del oro encontradas y un memorial para los Reyes en el que proponía cambiar las vituallas y ganados necesarios por esclavos caribes. Luego dirigió en persona otra expedición a Cibao. Halló efectivamente algún oro y mandó construir el fuerte de Santo Tomás, a cuyo frente dejó a Pedro Margarit.
Aunque la Isabela iba mal, falleciendo de enfermedad gran número de sus pobladores, Colón la abandonó para descubrir nuevas tierras. Tomó una nao y dos carabelas y zarpó el 24 de abril de 1494 rumbo a Cuba, que recorrió esta vez por su parte meridional. Pasó luego a Jamaica, bautizada como Santiago, y tornó otra vez a Cuba, subiendo ahora por su costa occidental hasta lo que luego se llamó la bahía de Cortés. Allí ordenó levantar un acta asegurando estar en Mango o el Mangi de Marco Polo, cosa que hizo jurar a los pilotos bajo la amenaza de cortarles la lengua. Posteriormente volvió a Jamaica y la Española, arribando a la Isabela el 29 de septiembre. Colón estaba muy enfermo y las crónicas afirman que convaleció de sus males casi cinco meses. El historiador Manzano asegura que durante este tiempo hizo una expedición que descubrió América del Sur, tesis poco aceptada.
Colón se encontró a la Isabela en un estado peor del que la había dejado, si cabe. Había llegado su hermano Bartolomé, pero se habían marchado muchos descontentos, entre ellos el capitán Pedro Margarit y el Padre Boyl, que detentaban la autoridad militar y religiosa de la isla y que empezaron a desprestigiar la labor colonizadora de Colón ante la Corte. El Almirante hizo frente a un levantamiento indígena que sojuzgó violentamente, imponiendo a los vencidos la esclavitud y un tributo de oro en polvo y algodón.
Como consecuencia de los informes de Margarit y Boyl, los Reyes enviaron a la Española al repostero Juan de Aguado casi por espía y escudriñador de todo lo que pasaba, según nos dice Las Casas. Aguado se informó de los problemas que afrontaba la colonia y cuando anunció que iba a regresar a España, el Almirante decidió acompañarle, pues comprendió que sus informes no le beneficiarían. Antes de partir mandó construir seis fortalezas en diversas partes de la Isla, envió una expedición al sur en busca de oro, y recomendó a su hermano -a quien dejó el gobierno de la colonia- la construcción de una nueva ciudad en la parte sur de la isla. El 10 de marzo de 1496 embarcó para España. En la flotilla iban, además de Aguado, 220 repatriados que no querían saber nada más de las Indias. En tres años, los transcurridos de 1493 a 1496, las nuevas tierras habían pasado de ser paradisíacas a malditas.
Colón arribó a Cádiz el 11 de junio. Pidió una entrevista con los Reyes, que se le concedió en Burgos el otoño siguiente. Allí se presentó con el poco oro que pudo reunir, sus animales exóticos y muchas promesas. Comprendiendo que era muy poco frente a todo el gasto que había originado, recurrió a ponderar los enormes servicios que se prestarían a la Iglesia con la evangelización de los indios, algo a lo que era especialmente sensible la reina Isabel. Los Reyes le aseguraron que efectivamente aquello les compensaba de todo y que seguirían apoyando la colonización y los descubrimientos.